Odysses

Update Herbst 2024: Direkter Link [hier] zu diversen Videos, was ist möglich mit Odyssey

Odyssey

Seit längerem bin ich Besitzer eines super coolen Programms: Odyssey. Eine Übersicht was damit getan werden kann. Die Ausführungen sowie Hinweise beziehen sich zum Teil auf alte Versionen, sollten aber auch in den neusten Versionen funktionieren.


Ein Tutorial-Anmerkungen etc zu Ody 5.4 [hier]

Tutorials on the web, youtube etc.

• Zeigt was möglich ist, [youtube] oder offline ... download leider nicht möglich

Basics, gut zu wissen

• Buttons, Schrift verkleinern, vergrössern: Ctrl-Shift-+ oder Mausrad, Problem ergibt sich z.T. bei einem neuem Laptop mit höherer Auflösung
• Oben rechts in jedem Tutorial hat ein 'C' oder ähnlich. Praktisch um das aktuelle Tutorial wieder auf seine Startwerte zu setzen.
• Electronic properties cannot be calculated for systems more than 30 atoms (including all hydrogens) [tutorial 2]
• Synchronisierung ... praktisch, wenn im gleichen 'Tab' 2 Modelle gleichzeitig gezeigt werden sollen [tutorial 3]
• Winkel resp. Länge verändern: doppelklick auf Bond, dann alt sowie rechte - linke Maustaste [tutorial 4]
• Einzelne Moleküle verschieben: select molecule, dann 'ctrl' und gleichzeitig rechte Maustaste. Das Molekül kann dann verschoben werden. Interessant: dann neue Simulation starten ... sollte in der längeren Zeitentwicklung eine andere Simulation geben als die gleiche Original-Version ?! [tutorial 5]
• Trivial ... but: lone pairs bei den Styles nicht übersehen !
• Dito mit Pfeil für Polarität, ebenfalls bei den Styles
• Bei Gasen etc. .. nice: Molekül auswählen und dann 'show trail'
• Sind mehrere Moleküle vorhanden ... edit ... select molecule / atom ... können einen unterschiedlichen Style haben. Praktisch um visuell sich von den anderen hervorzuheben.
• Moleküle basteln: Die H-Atome kommen automatisch dazu, wenn 'Build-Corner' geschlossen wird [tutorial 5], beim Build gibt es - bissle versteckt - als Scroll-Down-Menue weitere Möglichkeiten, probieren: Nucleotide-Sequenz machen, dann opiemieren lassen ... sieht eindrücklich aus
• Einmaliges Klicken auf ein Atom gibt unten links einen Hinweis auf das vorhandene Element.
• Es können auch zwei Moleküle nebeneinander ('nicht im gleichen Fenster!'), also unabhängig voneinander gezeichnet werden ... Simulationen etc. machbar für jede einzelne Komponente [tutorial 13]
• Volumen eines Gases verändern: in den Properties - Thermodynamics - Volume dasselbe messen! Im nächsten Schritt kann das Volumen geändert werden. [tutorial 7]
• Indem einzelne Moleküle oder Gruppen gemeinsam ausgewählt werden, können diese dann auch alle auf einen Klick einen anderen Style etc. erhalten [tutorial 8]
• Nice: Kollisionen mit der Wand oder anderem Molekülen können angezeigt werden: Style, Collision etc. [tutorial 11]
• Plots: wenn x gegen y gemacht wird ... es kann der Eindruck gewonnen werden, als ob keine Daten aufgenommen würden ... dies muss z.T. selbst gemacht werden: beachte den Button 'record'! Drauf klicken und eine Messung wird vorgenommen. Z.T. notwendig: gleiche Simulation bei verschiedenen Temmperaturen laufen lassen. [tutorial 11]
• Zum Teil versteckt ... pull-down-menues direkt über dem aktuellen Molekül [tutorial 12]
• pm und zum Teil wird's vergessen: search-Option. Auch Moleküle, Salze etc.
• ???? Bestehende Moleküle können nicht immer wieder verändert werden ?!
• Simulationen langsamer machen, aus den Properties / Dynamics /Time Step holen. Dort muss man dann einen Zahl reinschreiben, die _kleiner_ ist als die gegebenen Werte. [tutorial 14]
• Flüssigkeit verdampfen lassen: aus dem Stock (z.B.) eine Flüssigkeit holen, dann properties Temperature sowie Volumen holen, dann das Volumen um ca. Faktor tausend erhöhen, resize der Zelle machen, Simulation laufen lassen. Damit es schneller geht: Temperatur erhöhen. 'pdf' Seite 67: Simulating the Liquid-Vapor Transition
• zum Seitenanfang

Achtung: die verwendeten Zahlen bei z.B. New Users sind nicht fix, sondern variieren ... hängen davon ab, ob das Thema unter 'Edit' angewählt wurde oder nicht. :-(

New Users

• 1. Common Substances. Übersicht diverser Moleküle, DNA, Wasser, Bier, Gold, NaCl etc.. [offline-link]
• 2. The water, medium of life. H-Brücken, Schneeflocke, Eis etc, 30
• 3. State of matter. solid - liquid - gas, 10
• 4. Side by side. Same again ... aber direkt nebeneinander, 10
• 6. Chemical and physical properties, extensive - intensive Grössen, 10
• 7. Density: Comparing Equal-Weight Samples of Common Substances, zwei verschiedene Komponenten werden miteinander verglichen, nice, 10
• zum Seitenanfang

Applied Chemistry

• Reaktionen angucken ... Tutorial for beginners, Nummer 9
• zum Seitenanfang

Atombau

• Mit welcher Geschwindigkeit sind Atome - Gase unterwegs? Temperaturbegriff Guided labs ab ca. 40

Salze

• Ladungen der einzelnen Kugeln verändern, z.B. +1/0 oder +1/+1 oder +1/-1 und dann eine Simulation laufen lassen. ('Build/Chharge'). Für alle drei Modelle machen ('A, B und C'). Unterschiedliche Startsituationen ergeben unterschiedliche Endstrukturen [offline-link]
• Ebenfalls NaCl nehmen, Ladung setzen
• Energetische Gesichtspunkte, [offline-link]
• Ody6: Unter Demos-Visuals 15: Ungesättigte vs. gesättigte NaCl-Lösung: What is the limit ...
• Ody6: Unter Demos-Visuals 16: Anlagerung von Wasser an Kation resp. Anion. Nice: [youtube-Anleitung]
• zum Seitenanfang

ZMK

• Ody6, selber gemacht: eine Box mit 10 Wassermolekülen zeichnen, Strukturen minimieren lassen, dann 'Electron', Polarity-Map zeichnen lassen: Tatsache, dass Moleküle polar sind und sich räumlich anordnen, zeitgleich aber auch bei T ungleich null Kelvin eine translatorische kinetische Energie haben
• Ody6:guides labs, No 68, Structures and Dynamics of liquid water. Simulation laufen lassen, Valenzradius bestimmen, Properties (Distanzen auch direkt aus dem PSE entnehmen,
• zum Seitenanfang

OC II, Biomoleküle

• Diverse Aminosäuren [offline-link]
• Aminosäurenseitenketten, Polarität anzeigen [offline-link]
• Peptid-Bildung [offline-link]
• Protein-Falten, primär ... tertiär [offline-link]
• zum Seitenanfang

Diverse Videos zu verschiedenen Themen

• Thermodynamik Zwei Moleküle müssen sich optimal treffen, damit eine Reaktion stattfindet. Fragen - Anleitung zum Video [pdf] (
  ⓘ Sprungmarke: ody_colp
  ), Video mit diversen erfolglosen und erfolgreichen Kollisionen, [mp4]
• ZMK 1 Xenon wird in allen drei Aggregatszuständen betrachtet und seine kinetische sowie potentielle Energie ausgewertet. [mp4]
• ZMK 2 Bewegungen des Wassers in allen drei Aggregatszuständen sichtbar gemacht [mp4]
• ZMK 3 Eis schmelzen [mp4]
• IR IR-Schwingungen diverser Moleküle [mp4]
• chemisches Gleichgewicht Die Anzahl der Moleküle während einer Reaktion beobachten [mp4]
• Thermodynamik Beobachten der energetischen Verhältnisse während einer Reaktion [mp4]
• Thermodynamik 2 Diagramm Entropie gegen die Temperatur erstellen [mp4]

<