Zentralkurs 2022: Odyssey, Do, 10.45, Raum B1

Ausschreibung:
QM mit Odyssey: von statischen Modellen hin zu dynamischen Simulationen. Erfahrungen und Beispiele aus dem Unterricht
Seit einigen Jahren verwende ich das QM Programm Odyssey. So lassen sich verschiedenste Moleküle (fest, flüssig oder
gasförmig) einfach modellieren und simulieren, z.B. Druck eines Gases als Funktion der Temperatur darstellen.
Oder Wasserstoffbrückenbindungen in der Gasphase anzeigen. Oder bei einer Flüssigkeit die ZMK an- resp. abstellen
und live zugucken, wie sich die Substanz verhält. Meine Erfahrung mit Odyssey sowie die Einbindung in den
Unterricht (Laptopklasse als auch normaler Unterricht) würde ich gerne anderen Teilnehmern weitergeben.
Mögliche Szenarien finden sich unter https://www.rainer.ch/_chemie/chem_ody.html
- seit ca. 20 Lehrer Kanti Schaffhausen (v.a. Chemie, z.T. Physik, Freifach Informatik)
- Ausbildung Uni Zürich (Diplom in OC), Diss in Computational Chemistry, W. Thiel, MPI Mülheim, Deutschland
- Anwender Odyssey seit ca. drei Jahren
- KEIN PROFI, nicht gesponsert von wavefunction
- Alles Infos und vieles mehr (Skripte etc.) frei und ohne passwort auf www.rainer.ch
- kleinste Dimensionen, einzelne Atome / Moleküle nicht sichtbar, makroskopische Welt vs. mikroskopische Welt.
- Oft unklar, wie gross Atome überhaupt sind, wie gross die Leerräume zwischen den Molekülen und Atomen sind.
- Übliche Grössenverhältnisse: Nanometer, kurz 'nm'. Relation wie 1000 km zu ...
[???] einem Millimeter !
- Die Atome, Moleküle bewegen sich, reagieren zum Teil miteinander
- Zur besseren Veranschalichung können Computerprogramme weiterhelfen, z.B. Odyssey, ACD-Labs etc
- Ein Produkt aus dem Hause von wavefunction, 'Spartan'. Viele weitere Infos [hier]
- Lizenzkosten ... screenshot [hier]
- Es stehen viele vorgefertigte Einheiten zur Verügung (aktuell 290), ebenso ca. 800 anorganische - organische Substanzen
- Oftmals gibt es Fragen an bestehende Units, natürlich inklusive Antworten (nur für Lehrperson)
- liest auch 'fremde' pdb-files ein, eigene *.ody-files können auch editiert werden
- Möglichkeit gegeben, eigene Moleküle, Reaktionen (...), Simulationen rechnen zu lassen
- Die Berechnungen werden live gemacht,
- keine abgeschlossenen Simulationen, pico-Sekunden-Zeitbereich (10-12s. Genaueres [hier]
- Berechnungsresultate sind sofort sichtbar, 'Molekül-Dynamik-Berechnungen'
- KEINE Forschungsresultate :-) .
- Nicht zuviel verlangen, 'seriöse' Berechnungen mit wenigen Atomen beanspruchen viele Stunden.
Teil I Start: Ody 7, Labs, complete list, no c 2 , examining water and its many occurrences
- Zuerst zeigen was man sieht: different representations
- Diverse Styles Ball and Wire etc, ebenso polarity map, dipole arrow, charge labels, lone pairs
- Unterricht: Aggregatszustände Physical States: solid, liquid sowie gas zeigen (Animationen)
- Unterricht: Wasserstoff-Brücken einzeichnen und animieren lassen, bessere Übersicht: clipping center machen (Sphäre anklicken und mit mouse-Rad Grössen verändern)
- Spuren lesen Beim Eis (Solid ice (H2O)288 nehmen) alle Moleküle auswählen, hide sowie trail anzeigen (unter Styles)), Animation machen. Dito mit Flüssigkeit sowie Gas (jeweils aber nur fü ein Wassermolekül): bei Feststoffen bleibt die Position der Moleküle identisch, Flüssigkeiten sowie Gase nicht, innerhalb einigen wenigen 10-12 Sekunden Position geändert
- Unterricht: Wasserschicht [hier]
- Selber Wasserbox (liquid) mit H-Brücken machen , inklusive der Ionen Sr2+
sowie Cl-.
Unterricht: Am Schluss nachrechnen ob Dichte von 0.5 g/cm3 in Ordnung ist, zuvor aber noch die Ionen aus der Box entfernen (=0 setzen.
Berechnung: d = m/V = 90*18u/V etc.
Oder: Wieviele Wasser-Moleküle hat es pro Kubiknanometer? Stimmen ungefähr die Vorgaben seitens Odyssey? Pro Liter (10-3 m3) 55.5 mol (=3.34E25 H2O), pro Kubiknamometer 1024 mal weniger, also ca. 34 Teilchen). - Unterricht: Zufällige AS-Sequenz erstellen, optimieren lassen, H-Brücken einzeichnen
- Unterricht: ZMK, Mischungen / Lösungen
- NaCl ('with dissolved table salt, 1 M', nachrechnen ob die Anzahl der Teilchen aufgeht? JA :-, clipping center),
- Alkohol in Wasser (H-Bonds einblenden, plot machen mit der Anzahl der H-Bonds, bleibt ungefähr konstant),
- Wasser/Pentan Simulationen ( Ody-Lab I18 O)
[Wasser-Pentan, mp4]
Teil II: Unterricht: chemisches Gleichgewicht, Thermodynamik:
- Ody 7, Labs, complete list, Kinetics, M2
Reactive Collisions: Wann reagieren zwei Moleküle miteinander:
O2 + F2 → NO2F + F
(u.a. korrekte räumliche Orientierung der Edukte wichtig. Moleküle korrekt anordnen, auswählen,
ctrl, drehen).
Alternative ... das Gleiche, aber als Video ... (!): [hier] , - Ody 7, Labs, complete list, Kinetics, M1 Observing a reaction, oder als Video: [mp4]
Teil III: Unterricht: Anziehung / Abstossung / Coulomb
- Ody 7, complete list, chemical bonding, F2
- Wieso halten die 'Atome' vom Kochsalz, NaCl, aneinander ?: Ionen, Kation - Anion
- Ladung: Ladungen der einzelnen Kugeln verändern, z.B. +1/0 oder +1/+1 oder +1/-1 und dann eine Simulation laufen lassen. ('Build/Chharge') Für alle drei Modelle machen ('A, B und C'). Unterschiedliche Startsituationen ergeben unterschiedliche Endstrukturen
- Nice: die Radien der Atome - Ionen ändern sich mit der Ladung
- !!! An dieser Stelle auf die Fragen eingehen, unten ... !!
Teil IV: Unterricht: Gase, Temperatur
- Ody 7, complete list, Speed Distribution, G25
- Geschwindigkeiten verschiedener Gase, Abhängigkeit herauslesen lassen (direkt prop. zur Temp, umgekehrt zu M)
- Nice: Temperaturregeler
- Nice: speed distribution
- Fragen angucken !!
- Unterricht: Beamer, gültige Lizenz
- Videos erstellen: Screenrecording aktuell mit Powerpoint, eventuelles Zuschneiden des Videos mit shotcut.
- Screenrecording über eine lange Zeit, Dateien werden riesig. Computer geht z.T. in die Knie, Programme stürzen ab. Lösung (?!): Screenshots machen (jede Sekunde, python-Skript), danach aus den Photos ein Video machen (python-Skript)
- Ebenfalls möglich: entsprechendes Ody-Lab speichern und in einem Ordner xy speichern:
- Odyssey: Diverse Aminosäuren [offline-link]
- + Dynamische Chemie, nicht statisch ('Atome bewegen sich' )
- + Anschaulichkeiten, welche auch Modelle aus Holz (oder Plastik) nicht liefern können
- + viel mehr als nur die üblichen reellen Modelle verfügbar (Modelle sind teuer, können kaputt gehen, können verschwinden)
- + Forschung
- - das Programm Odysses / Spartan ist nicht gratis
- - technische Infrastruktur (Beamer, Laptop), Einarbeitung in das Programm Odyssey, häufiges Verwenden im Unterricht, ansonsten unbedingt Videos erstellen (!)
- Sehr viele Labs, spontan während des Unterrichts (z.B. Frage seitens SuS) eine Lab hervorsuchen kann scheitern, da sehr viele Labs vorhanden.
- Computerklasse seit HS 2021 (Chemieschwerpunkt), welche Odyssey installiert hat
- + können selber Module erarbeiten, bearbeiten von Aufgaben (z.B. F2)(ohne Lösungen, da diese nur in der Lehrerversion sichtbar sind )
- + Können in den Simulationen nachrechnen, ob die gezeigten Modell sinnvoll sind (z.B. Dichte von Wasser bestimmen)
- + Hausaufgaben (Bearbeitet Kapitel xy)
- + Sehr guter Support, direkter Kontakt zum Entwickler. Offen für Anregungen
- +/- Schülersicht:
- - Lehrersicht: in Ruhe etwas mit Odyssey sehr gut machbar, im Unterricht (spontan) eher schwierig. Umstieg auf vorbereitete Videos (aus meiner Sicht) unumgänglich
ABER: das Experiment (sofern möglich) hat noch immer das letzte Wort.
- Weitere Videos machen, zugänglich via www.rainer.ch
- Selber mit eigenen Labs beginnen (zeitaufwändig, aktuell noch andere Projekte, z.B. www. chemieaufgaben.ch)
- Odyssey populärer machen
- Wie rechnet das Programm, oder Molekül-Dynamik-Einbindung (MD) in den Info-Unterricht:
Anwendungen mit TigerJython, genaueres hier; http://www.tigerjython.ch/download/computational_physics.pdf, p. 3 etc. - Übersichtsartikel MD, van Gunsteren [pdf]
- Einführung in die Computerchemie, [pdf]
- Molekulares Modellieren mit Kraftfeldern [pdf]
- Gute Übersicht über ody6 [pdf]
- Erstellen animierter gifs: ein Programm welches z.B. jede Sekunde einen screenshot erstellt (z.B. autoscreen.exe) und dann mittels z.B. gimp ein gif daraus erstellen
- Fast besser als ein gif (?): Video: lässt sich auch an einer bestimmten Position pausieren, Software z.B. https://www.apowersoft.com/free-online-screen-recorder
- Cooles Video about MD: https://www.youtube.com/watch?v=lLFEqKl3sm4
- Wasser und Pentan, Mischung ... https://www.youtube.com/watch?v=xcMSHy3CqXA
- Water vaporization ... https://www.youtube.com/watch?v=B3cXuisH8PI
- QM-Skript, ETH, Kapitel 15, Moleküle [pdf]
- Wunderbare Übersicht als [pdf]
- Nach sehr langem Suchen wieder gefunden [link] oder als download, gespeichert als [pdf]
- Analog zum Vorherigen, einfach als Notebook: [link]
- Ebenfalls sehr interessant: [link]
- Analog zum vorherigen, offline [link]
- VanGunsteren Paper, eher alt, aber eine guter Start [pdf]
- Alte Ausgabe, aber dennoch ... [pdf]
- Video (28 min) über Dinge welche bei der computational chemistry beachtet werden müssen, file [hier] , Quelle resp. Author [hier]
- Pioniere der QM [pdf]